進行藥物流產的僅限于懷孕49天內的婦女，此時子宮內有兩種妊娠組織，一種是胎囊，將來胎兒在這里長出；另一種是蛻膜。藥物流產的目的就是阻止胎囊在宮腔中繼續生長發育，并通過子宮收縮將其排出體外。
　　
　　藥物流產過程中如果見到胎囊排出，就可以認為墮胎基本完成。但是，由于附著在子宮內壁上的蛻膜還沒有完全隨胎囊排出，因此子宮的收縮受到影響，出血不會馬上停止。一般地，藥物流產胎囊排出后的出血天數平均為18天，引起出血時間長的原因可能是蛻膜剝脫不完全，影響子宮收縮止血；或是胎囊排出不完整，導致不全流產；少數病人為藥物流產術后感染，出現子宮內膜炎癥所引起。
　　
　　如果在胎囊排出兩周以后出血仍未停止，需要進行尿妊娩化驗及B超檢查，診斷為不全流產者就應該做清宮術。如果出血不止因蛻膜剝脫不全所致，但就診時出血不多，可以通過服藥或注射催產素促進子宮收縮，以排出剩余的蛻膜組織。
　　
　　有些患者認為，治療藥物流產后出血淋漓不凈，只要服用安絡血、止血敏等止血藥就可以了。沒想到還是沒有達到預期效果。因為止血藥是通過改變體內凝血機制而達止血目的，并不能將宮腔內的殘留物排出體外，因此不能從根本上解決問題。只有當子宮腔內的胚胎組織基本排凈，子宮收縮良好時，出血才會停止。
　　
　　值得注意的是，藥物流產的婦女有時會突然出現出血明顯增多，可能是月經量的幾倍，并伴有大血塊，這是因為胚胎組織剝脫、排出不暢造成的，此時需要立即去醫院就診，采取清宮術止血。
　　
　　由于藥物流產出血時間較長，宮頸口松馳，會給細菌的滋生及逆行感染提供機會。因此，如果陰道出血超過7天，應服用抗生素3～5天預防感染。
　　
　　藥物流產后的陰道出血有時也會時斷時續，患者不要因為陰道沒有出血就認為可以游泳，進行性生活，這是不對的。無論是藥物流產還是手術流產，游泳、性生活都應該在來過一次月經后再進行。否則，都有可能導致盆腔炎癥的發生。